“宏基因組與R語言數(shù)據(jù)分析”在線直播課程的通知
[db:作者] - 2020-10-26
近年來，隨著現(xiàn)代
分子生物學的發(fā)展，特別是人類
基因組計劃的實施，不斷產(chǎn)生出巨量的
分子生物學數(shù)據(jù)，這些數(shù)據(jù)有著數(shù)量巨大、關系復雜，以至于不利用計算機根本無法實現(xiàn)數(shù)據(jù)的存儲和分析。生物信息學大量的使用計算機技術進行分析工作，這就要求技術人員熟悉多種分析軟件的使用方法及其在生物各領域的應用技術。在此次疫情中宏
基因組的測序也助力新冠病毒的檢測，中科院計算所西部高等技術研究院將在
7月4-5日舉辦“
宏基因組與R語言數(shù)據(jù)分析在線直播課”由北京中科云暢應用技術研究院承辦，中科院及權威專家主講，具體通知如下，歡迎廣大相關企事業(yè)單位科技工作者，核心技術人員踴躍報名參加！
主辦單位：中科院計算所西部高等技術研究院
指導單位：中國電子學會（國家專業(yè)人員繼續(xù)教育基地）
承辦單位：北京中科云暢應用技術研究院
協(xié)辦單位：北京中科圖云科技有限公司 、北京安控冠博科技有限公司
培訓對象：
大中專院校生物信息、生物計算、生命科學、醫(yī)學、化學、農(nóng)學、計算機科學、數(shù)學類專業(yè)的課程負責人、一線教師、教研室骨干人員、教學管理人員；科研單位從事生物、生命科學、微生物研究的相關人員；生物、醫(yī)藥、化學及相關企業(yè)的領導與技術骨干。
主講專家：
來自中科院微生物研究所國家重點實驗室的高級專家，長期從事生物信息學領域及國家重大項目研究，具有資深的技術底蘊和專業(yè)背景。
時間：7月4-7月5日（上午9：00-11:00 下午14:00-16:00）
培訓費用：RMB:300元/人,（包含報名費、培訓費、資料費、）
培訓結束經(jīng)考核合格，可獲得由中國電子學會頒發(fā)全國電子信息人才能力提升工程專業(yè)技術證書， 依據(jù)人力資源與社會保障部《國家級專業(yè)技術人員繼續(xù)教育基地管理辦法》（人社廳發(fā)〔2013〕53 號）的要求，本次學習情況，本次學習情況可計入繼續(xù)教育學時并作為對專業(yè)技術人員考核評價、崗位、職稱評聘和執(zhí)業(yè)注冊的重要依據(jù)。須提交電子版彩色照片，身份證復印件。（證書自愿辦理，費用五百元）
課程內(nèi)容
（7月4日 上午）
宏基因組學介紹一
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1. 16S rDNA AMPLICON SEQUENCING 法
1.1. 測序平臺、引物設計及區(qū)域選擇不同測序平臺、針對細菌、真菌不同微生物實驗設計
1.2. 測序量及采樣建議
針對水體、糞便、土壤、物體表面、口腔等不同生境
1.3. 分析流程圖
數(shù)據(jù)收集、數(shù)據(jù)預處理、數(shù)據(jù)分析
1.4. 結果解析
1.4.1 OTU聚類
1.4.2 物種注釋
1.4.3 物種分布情況
1.4.4 樣品復雜度分析：α多樣性
Coverage Chao指數(shù) ACE指數(shù)
Shannon曲線
Richness rarefaction曲線
1.4.5 多樣品比較分析：β多樣性
樣品間物種豐度熱圖
排序分析：
PCA分析
PCoA分析
NMDS分析
Unifrac分析
樣品聚類分析
2. DSS （direct shotgun sequencing）法
2.1. 分析流程
2.2. 功能注釋分析
2.3. 代謝途徑解析
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（7月4日 下午）
宏基因組高豐度菌株
分析流程介紹
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1 微生物基因組在線圈圖分析
2 代謝通路分析（KEGG & KAAS）
3 病原菌耐藥基因鑒定（CARD & Resfinder）
4 細菌基因組島鑒定 （Islandviewer）
5 進化樹軟件MEGA使用
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（7月5日 上午）
宏轉錄組學介紹二
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1 宏轉錄組學介紹
2 宏轉錄組學定義
3 宏轉錄組研究方法
4 宏轉錄組研究內(nèi)容
5 宏基因組與宏轉錄組的差別
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（7月5日 下午）
基于ggplot2程序包的R語言繪圖
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R語言基本介紹
2 R語言基本運算、向量函數(shù)
3 R語言數(shù)據(jù)讀入以及導出
ggplot2基本繪圖 （條形圖、散點圖、折線圖等）
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（*實際授課還會增加一些學員報名時反饋的感興趣內(nèi)容，希望參會人員可以把自己想了解的內(nèi)容，報名時一起填寫在回執(zhí)表上。大家在上課期間有什么問題，都可以隨時提出，如果有針對性問題可在 課間、課下和老師進行交流；）
課程特色
一流的講師
★依據(jù)豐富的項目實踐經(jīng)驗，為您講解在操作過程中常見的錯誤及解決方案；
全方位課程輔導
★課前: 提供社群輔導；課間: 在直播間為您答疑；課后: 設置專門的操作練習時間并配助教實時答疑；
專屬課程福利
★ 贈送操作所需全部代碼；
★ 提供1v1遠程指導，吃透每一個實操步驟；
優(yōu)惠政策：先到先學
早鳥價：270/人
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6月7日之前完成報名并繳費，即可享受早鳥價9折；
★轉發(fā)優(yōu)惠，轉發(fā)本文到朋友圈，并帶上【注冊參會】的文字，朋友圈保留五天以上，即可享受早鳥價；
★6月7日以后：300元/人 以上優(yōu)惠只能選擇其一
收款單位：戶 名：北京中科云暢應用技術研究院
開戶行：招商銀行股份有限公司北京豐臺科技園支行
賬 號：110929081110801
二維碼支持微信支付寶（備 注：匯款學員，請將匯款單備注欄內(nèi)注明參會人姓名）
會務組：姜老師 15611615363（同微信）
